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REPOSITORIO MATERIAL GRÁFICO 3D |
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| TÍTULO |
| Detalle de los bolsillos P1, P4, P6 y P9 de la “Binding groove” de DR52a |
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| DESCRIPCIÓN |
| En este modelo 3D se muestran las cadenas laterales de los aminoácidos de la `binding groove` que conforman los bolsillos P1, P9, P4 y P6 de gran importancia en la interacción con el péptido. Los bolsillos P1, P9 y P4 acomodan aminoácidos esenciales para el anclaje del péptido mientras que el bolsillo P6 (representado en rosa) es un bolsillo restrictivo en el que solo caben aminoácidos pequeños. El anclaje del péptido a la `binding groove` se lleva a cabo principalmente a través de los bolsillos P1,P4 y P9. En el P1 y en el P9 (representados en el modelo en color gris oscuro) se sitúan los aminoácidos Trp25 y Leu33 del péptido respectivamente gracias al fuerte carácter hidrofóbico que presentan ambos bolsillos. Por el contrario el bolsillo P4 (en color violeta) es rico en aminoácidos polares (no hidrofóbicos) y en él se acomoda el aminoácido Asp28 del péptido. |
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| TÍTULO |
| Detalle del dominio IBD de LEDGF y péptido sintético |
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| DESCRIPCIÓN |
| Modelo 3D que recoge un detalle del dominio IBD (Integrase Binding Domain) de LEDGF. Se destacan en formato CPK los aminoácidos que participan en la interacción con la integrasa (IN) y se señala el principio (aminoácido 355) y fin (aminoácido 377) del péptido sintético. |
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| TÍTULO |
| Dominio PIWI con tres aspárticos en el centro catalítico |
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| DESCRIPCIÓN |
| Se muestran el dominio PIWI con los 3 aspárticos (se han resaltado sus átomos en verde) en interacción con el Mg++ (verde claro) y con el ARN diana en blanco. |
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| TÍTULO |
| Dominio PIWI con tres asparticos en el centro catalitico |
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| DESCRIPCIÓN |
| Proteína Argomauta en contacto con una molécula de DNA, se destacan tres restos de aspártico |
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| TÍTULO |
| Dominios PIWI y PAZ de la proteína Argonauta |
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| DESCRIPCIÓN |
| Se muestran los dominios principales que intervienen en la función de la proteína argonauta, los dominios PIWI con un plegamiento de tipo RNasa H y el dominio PAZ. El dominio PAZ aparece en color naranja y el PIWI en verde. Se muestran los 2 átomos de magnesio en verde claro, el ADN guía en naranja y el ARN diana en blanco |
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